Kawasan pesisir dimana sebagian besar masyarakat terumbu karang indonesia berada, merupakan kawasan yang sangat padat dan kompleks dengan berbagai kegiatan antara lain kegiatan ekonomi seperti pelabuhan, pergudangan, industri, permukiman dan juga pertanian.

Berbagai instansi pemerintah yang berkepentingan terhadap kawasan ini akan berusaha mementuk kewenangan sendiri-sendiri sehingga terjadi tumpang tindih berbagai kepentingan dan lemahnya koordinasi. Program berusaha memperkuat koordinasi antar instansi yang berperan dalam penanganan terumbu karang agar menciptakan sinergi yang baik melalui penguatan kelembagaan dan koordinasi